这场内斗维持了三年，最后因为朝廷军队战斗力低下以及将领指挥不当，最终燕王率军打到南京城下，逼迫朱允炆退位，燕王攻入皇宫后，发现宫中着火，几具被烧糊的尸体被太监指认是皇帝朱允炆和他的长子朱文奎和皇后。
占领京城后，燕王下令将曾经忠于朱允炆的辅臣剥皮下油锅，将其女家眷送到营中慰劳士兵，死了的就拿去喂狗。1402年7月17日燕王朱棣登基，他也是中国历史上唯一一位起义成功的王爷。
虽然燕王朱棣成功登基当皇帝，但对于朱允炆的下落他始终觉得有蹊跷，曾在下令秘密追查，但却没有什么实质性的进展，对于朱允炆是否真的被烧死，没有人能够确定，后来有传言说朱允炆剃光头乔装成和尚逃离南京，但无论如何，历史事实是燕王朱棣成了一代皇帝，而朱允炆真正的命运是一个谜。
