明初对鞑靼用兵，明成祖朱棣即皇帝位后，即派使臣告谕瓦剌部（卫拉特部）。
洪武元年（1368）元顺帝妥欢贴睦尔弃大都北逃，两年后死于应昌（今内蒙古克什克腾旗达里诺尔西），子爱猷识理达腊继位，退到漠北，仍用大蒙古--大元国号。由于明朝的多次进攻和蒙古贵族内部的激烈斗争，其势力逐渐削弱，元顺帝后裔虽然仍被奉为正统，但汗权衰微，权臣势盛，爱猷识理达腊以后的四代大汗（脱古思帖木儿至坤帖木儿）都在内争中被杀。
1399年，分布在叶尼塞河上游沿岸的乞儿吉斯部首领贵力赤，否认了最后一任残元皇帝额勒伯克的宗主权，于1399年将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了29年的残元政权灭亡了。
从始明朝统称蒙古中部和东部地区的各部族为鞑靼。
至始蒙古正处于鞑靼和瓦剌争霸时期（1399~1412年）。
