1627年，林丹汗派兵虽收服右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，但元气大伤。
因为林丹汗东征西讨，各部也心生怨恨，为求自保，纷纷仿效科尔沁部投奔后金。
1628年，派遣贝勒阿济格与老哈河上游的喀喇沁部会盟。9月，皇太极亲率大兵至绰洛郭尔，宴会察哈尔部诸部首领。林丹汗空有大汗之名，陷入孤立，退至归化城（今呼和浩特）固守。
1632年4月，皇太极再和多尔衮会集蒙古诸部兵，共击林丹汗。林丹汗无奈自归化城驱人畜十万渡黄河西逃。
1634年死于撒里畏兀儿境内大草滩地方（今甘肃天祝藏族自治县境）。两年后，其子率十六部降清，鞑靼亡。
