旧军队官长吃空额是约定俗成的做法，袁氏也作出了制度性改革。他在《募练新军章程》中明确了"头目五两、正兵四两二钱、每日口粮一百文"的薪资标准，还成立了粮饷局，将发饷权力收归主将，各营营官不得干预发饷事项。用制度对抗贪污虽非万能，但制度定的越是细密、公开化程度越高，将官贪污时需要知情的人就越多、牵涉面就越广，贪污成本随之成倍提升。在这方面袁氏是清末走的最扎实的，虽说不能根治贪污，但也令军队士气面貌大大改观。袁氏还组建了中国最早的具有近现代意义的宪兵队。宪兵队的意义在于维护各军军纪，以专门机构负责专门事项，这是法治精神在军队中的体现，也是保持纪律性的有效办法。
其三是人才来源新
军官是维系军队的核心，近现代军队区别于旧军队的一个重要标志，就是军官的来源。旧式军队军官任用往往取决于上一级官长，选拔途径和标准一看是否忠诚，二看领兵带队能力如何。这种方式并非全无是处，但没有固定标准，全靠主观判断，往往容易用非其人。甚至有时只看忠诚忽略业务，选上一个只会听会话的庸将。李鸿章选用的北洋水师提督丁汝昌，本是淮军步兵将领，他的上位只能保证北洋水师绝对服从于李氏，但对水师建设没有丝毫裨益。
美国人拉尔夫·尔·鲍威尔在其著作《1895-1912中国军事力量的兴起》一书中一针见血地批评说："中国的指挥官在基本的战略、战术和使用武器方面，显示出可悲的无知。把人送到这些为当权者提拔起来的、老而无用的指挥官手下作战，是一种犯罪行为。"
