怀恩一直就在宫中长大之后，他在宫中一向勤勉，处事一向小心谨慎，但是刚正不阿的品行却从没有改变。明宪宗继位之后，因为怀恩品行端庄，深得宪宗皇帝喜爱，尽管万贵妃一直向皇帝推荐让汪直担任司礼监掌印太监，但是明宪宗依旧让资历最老的怀恩担任这一职务。
太监汪直在西厂飞扬跋扈，刑部员外郎林俊上书弹劾汪直和梁芳，又请求皇帝斩杀祸国映民的妖僧继晓，结果皇帝听信了太监汪直的谗言，将林俊抓捕入狱，打算将其置之死地。朝中大臣向皇帝劝谏，皇帝也不听，结果还受到牵连，受到皇帝重惩，从此也再也没有人敢去劝谏，但是太监怀恩却再次冒死劝谏，皇帝大怒，用砚台将其砸伤，王怀恩没有放弃，而是一再坚持，最后被皇帝直接派人将其撵出去。
他出去之后，马上找到管理林俊案件的镇抚司，要求他们不得杀害林俊，怀恩还称病待在家中。司礼监掌印太监需要批红，他不工作，整个司礼监乱成一团，明宪宗其实也离不开这个助手，于是就派太医给其治病，最后也答应了他，将林俊无罪释放了。
明宪宗时期经常不经过朝廷吏部的选拔，就直接任命官员，这事情直接引起朝野不满，而恰好这个时候明朝发生异象，于是怀恩利用这件事情告诫皇帝，出现各种现象都是因为他直接任命官员的缘故。于是皇帝将之前任命的官员全部撤销。因为他的忠诚以及功德，皇帝还特为他建了“显忠祠”。
