在建设性债务之外，新村级债务中还有一种因集体经营项目产生的经营性债务。
不过，多位专家指出，经营性债务在村庄并不多见。在王丽惠调研过的村子里，还没有产生经营性负债的。吕德文也几乎没有调研过存在经营性负债的村子，在他看来，许多村庄在2000年左右已经因为举债发展集体经济得到教训，因此不会轻易因发展集体经营项目而欠债，"极少数村庄有经营性债务，要么是村庄有得天独厚的条件，例如适合开发旅游，要么是村干部比较自信"。
据《中国新闻周刊》了解，村级债务中经营性债务占比高的村子大多位于长三角、珠三角地区。浙江省丽水市的村庄就有这样的例子。吴玉平对《中国新闻周刊》说，截至2022年6月底，丽水市有986个村子有村级债务，负债金额共计5.93亿元，其中集体经营性负债约为3.73亿元，占比接近63％。
值得注意的是，丽水市诸多村庄的经营性负债体现为投资，具有一定的清偿能力。2017年，丽水市青田县出资在平湖经济技术开发区建工业厂房，产业园项目首期投资1.47亿元。据青田发布报道，该产业园项目建成后每年可为青田县的村集体经济增加收益1470万元。吴玉平提供的数据显示，丽水市村级债务中，3.73亿元的集体经营性负债推动形成资产6.09亿元，年度收益4722.45万元，平均收益率达12.64％。
但是，不是所有经营性债务都能取得收益。当村庄自身条件一般或是村集体经营能力有限，经营性债务可能会成为难以填满的窟窿。黄岩在广东调研时发现，一些城市周边的村庄为了发展经济，向银行借贷在村里建了工业园，期望工业园建成后租给企业，形成稳定收益，但是一部分工业园的设计不科学、招商不顺利，项目经营失败，因此形成村级负债。
新村级债务中，建设性债务由于主要是各类拖欠的工程尾款，是无息债务，债权人主要是工程队老板，具有私人性。王丽惠发现，许多乡村工程在招标时就要求老板带资建设。老板同意行政村的欠债也有经济理性考量，例如工程项目有一定利润空间，即便被村子欠了几万元债务仍可盈利，并且这些债务相当于纯利，每年还一些就可以。
经营性债务则主要是向当地农商行、信用社的贷款，还有一些是向"先富起来的村级精英"的借款，往往是有息债务。
经营性债务可能会比建设性债务更棘手。吕德文指出，建设性债务形成后其实就锁定了，不会增长，但经营性债务可能会造成一系列连锁反应，当地为了盘活经营性项目有可能持续投入，使得债务越滚越大。
"资源下乡的一种异化结果"
在黄岩看来，如果说旧村级负债是一种资源挤压型负债，新村级负债则是一种资源输入型负债，形成于21世纪以来国家大规模自上而下向农村输入资源的过程中，是资源下乡的一种异化结果，"产生巨额新村级债务的原因当然不在于资源本身，而是在于资源落地的操作方式"。
项目制对于配套资金的硬性要求往往是导致新村级债务产生的直接原因，但新村级债务形成的根源并不能完全归结于此。
吕德文在调研中发现，一些历史上是"好村"的村庄，后来反而成了"差村"，是因为他们承担了地方的示范任务，包括美丽乡村建设、旅游开发、人居环境整治等，他们必须要推进政策硬性要求的建设项目。这其中，有很多工程是不那么必要的，"我调研的村子里，债务比较庞大的，都是因为搞形式主义工程欠了债"。
黄岩曾经调研的湖北省某村是一座传统的农业村庄，共有村民1476人，约一半村民常年外出务工，空心化严重，该村所属镇在县域GDP排名倒数第二。在这样一座村庄，截至2019年底的负债高达270万元，最主要的原因是村办公大楼建设及其周边环境整治。黄岩说，该村的整治工程从一进村庄就可看到的"村办公大楼"开始，因为它不仅承载着公共办公职能，而且在一定程度上是看得见的"亮点"，是"需要的成绩"。
