虽然澄清了谣言，但也让宁泽涛身心疲惫，严重影响了备战奥运会，他曾透露自己有段时间心有余力不足。整个人状态非常不好。
另外在赛事安排上，宁泽涛也遭受了不公平对待。由于孙杨受伤，游泳中心临时安排宁泽涛替其参加200米自由泳接力赛。在往日比赛中，宁泽涛一直接受的是短赛道比赛，50米和100米，从未进行过200米比赛，如今突然让他放弃自己擅长的项目改成别的赛道，一度让宁泽涛觉得非常荒谬，并拒绝了这个安排。
但没想到这也为他之后的里约奥运会又一次埋下了"罪证"。2016年7月，宁泽涛跟随国家队一起前往澳洲集训备战里约奥运会，在出发前他的状态就不好，高负荷训练导致他上吐下泻情况糟糕。
但是没想到还有更糟糕的事情，就在集训期间，宁泽涛突然收到通知让其强制终止训练，返回海军队待命。当时距离奥运会只剩下不到一个月的时间，这也意味着他确实被踢出了奥运会名单。
