三年之后，随着董卓被杀，王允和吕布掌握大权。这一年，刘协12岁。然而好景不长，没过多久，因为王允没能安抚好董卓的旧部，导致李傕和郭汜开始起兵作乱，再次占领了京城，夺取了大权。之后这俩人又开始不断互杀，也没谁再去搭理皇帝。
而且，因为这俩人的互杀，导致长安城几乎成了一片废墟。最惨的时候，汉献帝被囚禁了起来，去找李傕要粮，李傕却只给了他一些腐烂的牛骨头。靠着把这些牛骨头熬成汤，汉献帝才勉强活了下来。
这样的日子，持续了好几年的时间。直到公元196年，地方军阀曹操，率兵前来迎接汉献帝，将汉献帝接到了许昌。到了许昌之后，汉献帝才终于吃上了饱饭。这一年，汉献帝16岁。
然而到了许昌之后，汉献帝很快发现，曹操也不是什么好人，根本就是想着把自己当成一个傀儡，方便他打仗抢地盘而已。所以，汉献帝开始秘密谋划，打算干掉曹操，自己独掌大权。此后，汉献帝命令董贵人的父亲董承，联系刘备等人，去杀曹操。结果消息泄露，曹操反杀董承，并且当着汉献帝的面，处死了董贵人。
这就是历史上著名的衣带诏事件，这一年，汉献帝20岁。
此后，汉献帝被彻底架空，再无任何实权。但即便这样，汉献帝依然没有放弃，依然还是在秘密准备，打算干掉曹操。此后，历史上发生了著名的官渡之战，曹操逐渐一统北方，而后又军队南下，却被孙权和刘备在赤壁之战中击败，逐渐形成了三足鼎立的局面。
