结盟之后的蒙古与明朝困住了崛起的后金，而且林丹汗也的确攻击过后金的国都沈阳。只是这种局面，只维持不到两年，很快因天启皇帝的意外离世而崩溃。上位后的东林党人说服了崇祯皇帝，明朝不再"资敌"与林丹汗，同时毛文龙被杀后，也使得后金可以抽出手来全面攻击蒙古人。在失去明朝的军事援助之后的林丹汗，只能退出了草原，到更为温暖的青海草原避难。只是后来患天花死去，林丹汗的儿子额哲于1635年率部投降了后金皇太极。
炫耀武力的需要，乾隆皇帝在平定新疆大小和卓治乱以后，其实已经没有蒙古部落敢于对抗清朝强大的武力了，但是后面还是会从史料中看见乾隆皇帝对于蒙古人使用武力，主要是乾隆为了模仿祖父的事迹，完成自己的十全武功，可怜蒙古部落成为了他杀伐的对象。清朝统治者和蒙古部落并没有那种不死不休的仇恨，之所以会爆发长达百年的战争完全是二个不同组织形式国度之间的争霸，清朝皇帝的出身知道蒙古人有多可怕，他们不想像历史上的汉人王朝那样不断被侵袭骚扰就只有对他们下死手消灭掉。
