如在唐朝统一天下关键的虎牢之战中，秦琼、程咬金等人随李世民凿穿窦军大阵，来到敌阵后方展开唐军旗帜，令窦军误以为己方已败，军心涣散下大败溃逃。最终窦建德被俘，王世充绝望之下也出城投降；在刘黑闼为王起兵造反后，秦琼随李世民前往河北平叛。并在刘黑闼进军洺水途中，秦琼率军英勇善战将其击破。数战建功后，李世民封秦琼为翼国公，还赏赐黄金及其他贵重物资，以示对他的褒奖。
武德九年（公元626年），秦琼参与了玄武门事变，随李世民诛杀李建成、李元吉成功，事后被拜为左武卫大将军，食实封七百户。
贞观十二年（公元638年），秦琼病死，被追赠为徐州都督，陪葬昭陵。李世民特意下令在秦琼墓前造石人马，用以彰显秦琼的战功。贞观十三年（公元639年），秦琼改封为胡国公。贞观十七年（公元643年），李世民命阎立本画秦琼等二十四名功臣的画像挂入凌烟阁，以供自己怀念，后人景仰。
