后来，李自成败逃北京城，关外满清铁骑入关，入主中原，骆养性为了荣华富贵又投降了清朝，并且当上了天津总督，俨然是明清时期的"三姓家奴"。虽然后来骆养性擅自迎接南明使臣被革职，但没过多久，清廷为了笼络明朝遗臣，仍然让骆养性担任太子太傅、左都督等要职，在风光显赫中走完了他争议的一生。
首领尚且如墙头草风吹两边倒，他的很多手下也是有样学样，高级将领中，有机会投降清朝的，都成为了清朝的人，比如堂上指挥使乔可用等人全部投靠清朝当了大官，不仅如此，整个锦衣卫在清朝入关后都成了清朝所有，只是在结构跟功能上有了根本性的改变，锦衣卫更名为鉴仪卫，人数被大幅度削减，功能也从特务机构回到了最开始的皇帝仪仗队，而且仅过了一年，就被清朝皇帝废弃了，曾经权倾朝野、显赫风光的锦衣卫，就这样默默地消失在了历史长河中。
不过锦衣卫中虽然有投敌卖国者，但也有忠君爱国者，比如广东指挥使马吉翔，指挥同知李若琏等人，刚正不阿，坚守北京城，李若琏因为寡不敌众，最终兵败，城破之际，选择了与城共存亡，以身殉国，而马吉翔在崇祯自缢后，誓死守护南明小朝廷，直到南明灭亡。
所以，明朝灭亡之际，十多万锦衣卫仅有少数人奋起反抗，绝大多数都是见风使舵，倒向李自成倒向清王朝，在各种原因下，明朝避无可避走向灭亡，而早已失去血性跟初衷的锦衣卫也没能长存于世，最终做了明朝的陪葬品。
