晚清四大谜团，似乎都与湘军攻陷天京(今南京)及曾国藩匆忙处决李秀成有关。被抓捕的太平天国高级将领中，如英王陈玉成、干王洪仁玕、冀王石达开等，行刑的方式均为凌迟处死。甚至于，对待已死去的天王洪秀全，曾国藩还下令实施"炮决"，一炮给轰上了天。
犯人通常无法自行决定将要适用何种刑罚，特别是古代的朝廷重犯，其处置权多由朝廷掌握。即便事态严重、情况紧急，也该遵循程序，先上奏再由朝廷定夺。反观处置李秀成，从抓捕到处决，仅用了十一天的时间，且处决方式一反常态。更蹊跷的，是李秀成的囗供自述，也被曾国藩删改撕掉了一部分。
李秀成被俘后与曾国藩接触的十一天里，究竟与曾国藩说过什么？二人又是否达成了什么协议？学界至今仍有争议。李秀成死后，各种传言不绝，几大事件亦无不直指曾国藩牵涉其中。一是太平天国"圣库"宝藏下落；二是曾国藩为何修改删除部分《李秀成自述》；三是"刺马案"幕后指使；四是曾国藩与左宗棠交恶。
清朝同治三年(公元1864年)7月19日，湘军攻入天京，李秀成眼见大势已去，率一百多亲信，携幼主洪天贵福假扮清兵趁夜色突出重围。李秀成亲自断后，在与拦截的清军交手后与大部队失散，逃至方山却被八村村董陶大来认出，并在23日将其交给湘军。
