石碑原本为两块，但在树立不久，即遭到人为破坏。其中一块不知所踪，只剩下驮碑的龟趺。
甲午中日战争爆发后，1895年2月，石碑遭人推倒并被深埋土中。1913年又被重新竖起。1956年，韩国人认为这是"国耻"，再次将它埋葬地下。8年后，一场大雨又奇迹般地将石碑冲出，使得它再次进入人们的视线里，韩国政府决定将它重新树立，以便让全体国民铭记这个民族耻辱的象征，并将它保护起来。
2007年2月3日，"丙子虏乱"过去了370周年之后，石碑再次遭到蓄意破坏，有人用红漆在上面喷上了"撤、370、去丙子"等字样。25天后，肇事者朴某被抓获，至于他作案的动机，则是认为这样的"耻辱碑"不该被树立，更不该在大庭广众之下供人瞻仰。
其后，韩国政府对石碑进行了修复。
2010年，"大清皇帝功德碑"被最终迁至松坡区蚕室洞47号石村一片绿地上。
（参考资料：《清史稿》《明史》《朝鲜王朝实录》等）
