通过上述的三个政策，使得清政府对新疆的控制还是十分牢固的。但是到了清朝中后期的时候，沙俄势力又开始侵入我国的新疆，左宗棠率领军队又收复了新疆，在此之后清政府逐渐认识到了新疆的重要性，因此在新疆设立了行省，中央政府对于新疆的控制进一步加强。
设置伯克地区
清政府对西藏地区的管理也是蛮曲折的，从清朝建立之后就试图将西藏地区纳入版图之内，但是在清朝初年力量比较薄弱的情况下，很难形成对西藏地区的有效控制和管理。而且西藏地区的一部分贵族势力和策妄阿拉布坦联合在一起，清政府多次驱准保藏，最终在西藏地区设置了驻藏大臣，并且在中央设置了理藩院专门管理西藏等地区的事务，形成了对西藏地区的二元管理机制。
驻藏大臣――清政府驻西藏的最高长官。早在雍正年间就设置了钦差驻西藏办事大臣，但是雍正年间的驻藏大臣地位比较低，到了乾隆年间清政府提高了驻藏大臣的职权，并且规定驻藏大臣和班禅等的地位平等。西藏地区的行政、军事、财政长官以及各大寺庙的管事喇嘛都由驻藏大臣进行精选。西藏地区的对外联系也是由驻藏大臣全权负责。西藏地方机构的一切收支都是由驻藏大臣核查汇总。
