门阀士族，对下压榨百姓，对上忤逆朝廷。于是，刘裕便对那些不安分的士族进行打压，力度大的，直接抄家。这些事，刘裕还未称帝时，就着手进行。
即便没有打压的，也难免受到猜忌，加之朝中新贵的排挤，一些在朝中担任高位的士族代表，不得不退隐。比如王弘、谢瞻等。渐渐的，王谢等门阀士族已经不复往日荣光。
东晋建立之初，设立了很多侨郡、侨县，以安置南渡的侨人。这些侨人的户籍是白籍，是不用负担调役赋税的。本来东晋是想带着这些侨人打回去，然而数次北伐无功。于是这些侨人便在南方定居了。他们或是聚集在一起，占据山泽荒地，或是成为士族的部曲、佃客。总之，他们和南方土著的权利没什么区别，但却不用履行义务。
长此以往，这无疑会影响朝廷的运作，并且门阀士族开始侵占人口、兼并土地。在此之前，东晋有过数次土断，除了桓温的"庚戌土断"有些影响，其他都收效甚微。
义熙九年(刘裕尚未称帝)，刘裕实行了土断改革，将这些侨人以及被士族侵占的人口都统计出来重新登记户籍。如此一来，朝廷增加了许多赋税和兵源，一时间"财阜国丰"。
