对于曾国藩的首鼠两端，左宗棠很是看不起。他批评曾国藩"所陈奏者，臣僚情义之私，非国家刑赏之公"，倒是一针见血。
1865年，朝廷判李元度革除职务，发往军台效力。在李鸿章、沈葆桢、彭玉麟、鲍超等人的求情下，免去充军之罚，代以罚款了结。
晚年的曾国藩，越来越感觉自己对不起李元度，对他百般示好，为他的书籍作序，将曾纪泽的嗣子曾广铨与李元度的四女儿联姻。李元度呢，经过实事反复的磨练，以及回归田园的熏陶，已经不再怨恨曾国藩了。两人握手言和。
1872年3月12日，曾国藩病逝于南京后，李元度挥笔写下五言律诗十二首《哭师》，怀念曾国藩。其中，最后一首是："昭代五文正，惟公踞斗魁。孤忠能治国，天性最怜才。青史无遗议，苍生竞述哀。程门今已矣，立雪再生来。"
诗里引用"程门立雪"的典故，表示来世还要做曾国藩的弟子。
