历史上，西域境内最先接受伊斯兰教的是位于喀什噶尔和中亚一带的喀喇汗王朝，喀喇汗王朝的民族成分在史学上争议很大，不过多数意见认为应该就是回鹘人的一个分支。但最初建立这个王朝的主要领导者是样磨人，样磨人和出走的安西回鹘，以及西域境内的突厥部落分支葛逻禄人汇聚成了所谓喀喇汗人，中原称之为黑汗人，甚至有时被误会成大食人。总之，这也是一个比较复杂的群体。喀喇汗王朝存在了一百多年，随着不断壮大版图，也一直在进行民族融合，例如征服李氏于阗国。但是，后来蒙古西征以后包括整个元朝，这一大片接受伊斯兰教的民众，他们只被称为回回，而真正出现畏兀儿这一称谓的是对东部高昌地区的回鹘人，高昌回鹘几乎是伴随喀喇汗王朝并存的另一个西域政权，也是真正回鹘王室药葛罗家族前往立足的所在。由于高昌回鹘君主拥护蒙古人，被封为亦都护，这也是一个由早年突厥沿袭下来的称呼，过去叫“叶护”。一如蒙古大汗的皇后称为“哈敦”，也是突厥语沿袭下来的，突厥可汗，包括后来契丹君主的皇后，都叫“可敦”。
今天，我们通过《元史》或《新元史》这样的史书，知道元朝有许多著名的畏兀儿名人属于回鹘后裔，但他们身上似乎缺少少数民族的粗犷色彩，反而多数像汉化的知识分子，如忽必烈身边的心腹廉希宪，精通儒家理学，被人称为“廉夫子”；如鲁明善，是著名的农业学家，也是著名宫廷膳食营养学家；如贯云石，是元朝最重要的文学家之一。可当时的回回中例如阿合马（出生于今天乌兹别克斯坦）、桑哥（桑哥的民族成分还有争议，波斯名著《史集》说他是畏兀儿人，但由于他是藏传佛教高僧八思巴的弟子，也有说他出身藏族部落，甚至是吐蕃王朝赞普的直系后裔），他们也受到忽必烈器重，精于理财算计，是过去西域胡人的典型特质。除此之外，今天被维吾尔族奉为古代大学者的《福乐智慧》作者玉素甫·哈斯·哈吉甫，他正是生活在喀喇汗王朝前期，他出生于今天吉尔吉斯斯坦历史名城托克马克，后来他客死异乡，安葬在喀什噶尔。以今天的眼光看，似乎应该把玉素甫列为吉尔吉斯人。如果是这样，那么他和后来的维吾尔族或许就没什么亲近关系，因为吉尔吉斯人历史上正是辖戛斯部落的后裔，而辖戛斯人正是打败回鹘人导致他们汗国崩溃西迁的敌人。
历史是一门科学，探寻真相有时往往让人费解，似乎从文化亲近与生活习惯看，今天的维吾尔民族主体形成更像以当时的回回为主，不论生活地区分布还是成为穆斯林这一特质都是先决条件，而当时高昌一带的畏兀儿人在蒙古元朝很长一段时间都没有成为穆斯林，蒙古元朝的宗教政策一度是开明的，到了察合台汗国后期才以武力迫使所有民众信教，这里的畏兀儿人才被影响也成了回回。明清时期，西域主要民族之一哈萨克人已经形成，甚至建立了自己的汗国，吉尔吉斯也基本形成，多数时候被称作布鲁特，乌兹别克也基本形成，一般称为安集延或者浩罕，而中国史书上的畏兀儿称呼虽然存在，可他们仍然被称为回回，甚至清朝称呼维吾尔民族生活的地区为回部或回疆。例如哈密回王和库车回王都是维吾尔族，但冠以回回的称谓，维吾尔族是到中华民国才正式确立的。
