喀尔喀与卫拉特虽同为蒙古人，却几乎是"世仇"。
"卫拉特"又称"西蒙古"，各部首领都为外姓，与此相对的"东蒙古（喀尔喀是其中一部）"各部首领则都出自成吉思汗家族。卫拉特在明代称为"瓦剌"，元朝退出中原后，因皇室衰微，瓦剌遂乘机扩大实力，他们为同控制着汗位的东部蒙古贵族分庭抗礼，并进而称雄于漠北，一面结好于明廷，一面又积极同东部蒙古统治集团进行斗争，到15世纪中叶也先在位时，瓦剌势力达到全盛，东西蒙古各部均在其统治之下。也先死后，瓦剌势力中衰，东蒙古进而崛起，不断对其征伐，瓦剌各部游牧区的东部边界由外蒙古中部退缩到了阿尔泰山一带，此后瓦剌---卫拉特诸部对东蒙古的屡次战争基本目的都是为了夺回昔日的领地，而每次战争，地处漠北、与卫拉特接壤的喀尔喀蒙古都首当其冲。这其中以清代准噶尔汗国噶尔丹发动的战争规模最大，以至于当时尚拥有半独立地位的喀尔喀三部不得不完全归顺清朝以求得保护，并且在日后长达半个多世纪的清准战争中坚定地站在清朝一边，尽其所能为朝廷提供人员、物资和驻军点。
此外，准噶尔是最后一个称霸于欧亚内陆的蒙古汗国，他们看不起早就归顺清朝的东蒙古（包括喀尔喀）各部；而东蒙古各部首领均出自"黄金家族"，他们也看不起"外姓"的卫拉特各部，在清代，东蒙古各部自称"蒙古"，常常不把卫拉特诸部包括在"蒙古"之内。
