此时颉利因李世民答应与其讲和而洋洋自得，忽闻唐军从天而降，又被的李个措手不及，仓促之间难以集合兵力迎战，只得骑上一匹千里马逃跑了。没过几天，成为孤家寡人的颉利可汗便被唐军俘虏。当时的兵部尚书也是一位开国功臣，他叫侯君集，勇猛无比，早年在战场杀敌无数，是一位很出色的将军。但他却不懂什么兵法、谋略之类的，唐太宗很希望他能在尚书的位置上干好，就请李靖教教他。既然皇上有令，李靖当然义不容辞。过了不久之后，唐太宗就询问情况，侯君集一脸不满的样子，不断的发牢骚，说李靖丝毫不尽心，只教他一些鸡毛蒜皮的知识，真正的本领藏着掖着不愿教给他。并且还不断向皇上进谗言："陛下，微臣以为他这是对您表示不满，但碍于情面就只好教微臣一些粗浅的东西，恐怕他有异心啊！"
这让唐太宗很吃惊，但以他对李靖的了解，是不相信他会对朝廷不忠的。就私下召见了李靖，问他为何不好好教侯尚书。李靖感到很冤屈，自己明明很用心的在传导自己的实战的兵法，却受到皇上的猜忌："回禀陛下，老臣不敢有丝毫怠慢。但学习都讲究一个过程，都是由浅入深，先打好基础方可学的更好。但侯尚书似乎对此不感兴趣，一心只想学所谓最高深的兵法谋略、驭人之道，恐怕他不仅仅想做一个臣子这么简单，请陛下对他多加小心为好！"
经二人这样一说，让唐太宗有点懵了，怎么觉得他们说的都是对的。于是他突来灵感，就让二人分别在家好好反省休养一段时间。李靖欣然接受这处分，整日种花养草，好不逍遥。而侯君集则坐不住，如今待职在家，社交活动就更加的频繁了，时不时的出入各个大臣权贵的府上。李靖这一说法自然无人相信，相反很多人都认为他对侯君集怀恨在心，这是在诽谤他。但在不久后，果不其然侯君集联合李承乾等人举兵反叛了朝廷，印证了李靖当时的预言。好在很快就将叛贼人等一网打尽，没有引起很大的动乱，最终侯君集被判死刑，家人全部被株连发配岭南。
