因为从战火中走来，刘秀深知臣子手中的权力过大，随时都会威胁到君主专制。为了维护帝制稳定，从建武二年（公元25年）起，刚刚称帝没多久的刘秀便开始有条不紊地削弱百官之首--三公的权力。
按照西汉的官吏体制，以太尉、司徒、司空为首的三公分管军政、财政、礼制，直接对皇帝负责，上承皇命，下应百官。
但光武帝为了进一步分散三公权力，新设尚书台，以尚书六人来执行机密之事。这一举措虽然成功分散了三公的军政大权，却也间接在皇权和相权之间制造出了一个权力真空带。当有强势的外戚或宦官势力左右朝局的时候，满朝文武之中却没有足可以与之相抗衡的三公势力。
最直接的例子莫过于东汉末年的董卓入京事件。把持朝政的大将军何进，不顾以袁绍、曹操为首的文武百官劝阻，执意要董卓入京，剿灭宦官势力。
