最终，虽然明朝未能重复东晋、南宋故事，但是忠于明朝的军民在1644年之后也坚持抗清十几年，留下了很多可歌可泣的故事。
所以，明朝绝对不是亡于1644年，而我们历史课本上的观点基本取自清朝所修的《明史》，出于一些政治因素的考虑，清朝的统治者不希望让百姓们看到1644年之后南明将士们的奋斗，所以将1644年定做明朝灭亡的日期，这样也有利于加强清朝自身政权的正当性（根据清朝的宣传，清朝是为了给崇祯复仇才应邀入关的，入关将之后镇压南明的史实写入史书，势必会影响清朝的统治正当性）。
而我们的教科书在描述明朝历史时多则以《明史》为基准，所以将1644年作为明朝灭亡的时间。那么明朝灭亡不是1644年，那么明朝灭亡于哪一年呢？关于这一点，史学界也是众说纷纭。
南明史专家、著有《南明史》的顾诚先生则认为明朝灭亡的时间点是1664年夔东十三家的覆亡，因为这标志着以永历皇帝为旗帜的大陆抗争结束，顾诚先生未将在台湾坚持抗清的郑经政权纳入南明史中，原因是之后吴三桂发动三藩之乱时，郑经也有参与，而将三藩之乱纳入明史不甚妥当，故对郑氏部分仅取到郑成功去世之时。
