经过两年的准备和铺垫，康熙十九年（1680），姚启圣与与赉塔、杨捷、石调声督兵攻复海澄县，提督万正色攻克海坛，姚启圣同赉塔及总兵赵得寿、黄大来等分兵七路合击，破敌19寨。这场战役后，姚启圣进封兵部尚书、太子太保。
按理说，姚启圣作为收复失地的一大功臣应该受到无数的嘉奖和称赞。但这一切，都在康熙二十年（1681）四月，左都御史徐元文的弹劾里没有了。在这份弹劾里，徐元文列举了姚启圣的"七大罪状"，其中包括借司库银十二万两经营私利；克扣军饷，搜刮民膏；苦役人民，强抢民女；在收复台湾问题上犹豫不决，疑似养寇；质疑姚启圣的攻敌方案…一条条罪状清晰明了，仿佛这位御史一直就待在姚启圣身边一样。
不多久，姚启圣回奏，桩桩件件解释了自己那些莫须有的罪名。但我们上文中提到过，姚启圣是汉人，在同僚之中并没有太多好友，此时这份详细的解释虽然证明了姚启圣的清白，但随着台湾收复，姚启圣在朝中的作用已经不大，此时为他说话的人更少了。
康熙也许相信了姚启圣的自白，在康熙二十一年（1681），姚启圣因军功被授予世袭骑都尉，加一云骑尉。但同时，康熙似乎也在忌惮这位为自己立下汗马功劳的大将，他还是将巨额负债转嫁到这位大将身上，一共让他偿还47000两银子。直到康熙二十三年（1683），姚启圣去世后一年，康熙才免了这笔银子。
