康熙十三年（1674），一向侠肝义胆的姚启圣等来了一个可以建功立业的机会。那就是靖南王耿精忠在福建举兵叛乱，进入了浙江境内，还攻占了温州府城及台州、处州两府辖县。得知此事的姚启圣与儿子姚仪捐资招募壮兵数百，赶赴受康熙之名讨伐耿精忠的康亲王爱新觉罗杰书麾下。
经过几年的苦战，康熙十五年（1676），姚启圣父子随康亲王征讨耿精忠，军队攻进仙霞关，逼近福建，耿精忠兵败投降。在此期间，姚启圣凭借自己的能力和实力多次立下战功，也多次得到升迁，待耿精忠投降后，姚启圣已成为福建布政使。姚启圣不仅在作战上是一把好手，就连劝说的能力也是十分强大。当时郑成功之子郑经占据漳州、泉州和兴化，吴三桂麾下有一名叫韩大任的将军想去投奔郑经，但是被姚启圣说降，其3000多人的部队编入了姚启圣的亲军。
解决了耿精忠这个隐患，下一步的目标就是郑经。康熙十六年（1677），姚启圣跟随康亲王攻克被郑经占领的漳、泉两地，逼迫郑经逃回厦门。康熙十七年（1678），姚启圣获得康熙皇帝的下诏嘉奖，晋升福建总督。成为福建总督的姚启圣心心念念的还是明郑政权对清朝的威胁，于是他积极养兵买马，为收复台湾一事做准备。
想要收复台湾，除了兵马还需坚船利炮，上奏康熙帝得到同意后，姚启圣在福建修造了大量船舶，训练专业的水师，又调来100多艘战船，安装上从湖广调来的西洋火炮，增强福建水师的战力。除此以外，姚启圣还制定了"剿抚并用"的方式，尽可能减少战争给国家财政所带来的巨大压力，不断招抚郑军，先后有陈士恺、郑齐烈、朱天贵等多位名将投诚。
