孔有德和耿仲明突围后，并没有投降后金，而是在海上漫无目的地飘着。余气未消的崇祯帝下令务必要将这些叛军全部消灭在海上，"毋得一人还"。
就这样，孔有德和耿仲明在海上被明军围追堵截了长达两个月之久，兵越打越少。在筋疲力尽得情况下，孔有德下令船队驶向鸭绿江出海口--归降后金。
叛乱虽然被平息了，但对于明王朝和后金政权来说，吴桥兵变的影响才刚刚开始
第一，这起叛乱中，有七名朝廷官员被杀，其中巡抚级别的就有三人，沉重打击了明政权的政治威望。山东各地在叛军破城时被掠夺一空，莱州以东更是"残破三百里，杀人十余万"。叛军撤离登州时，留下的是"巷堆白骨，血染黄埃"，严重破坏了山东富饶的经济生态链。
