交战中，太平军挖掘地道，炸毁营垒护墙，杀入营垒。关键时刻，萧孚泗亲自点燃炸药包，扔向太平军，阻止对手攻势。接着，萧孚泗手持大刀，在缺口处与太平军肉搏，手刃数人，最终击败对手，守住了大营。
大战44天后，李秀成军团因后勤跟不上，只好撤兵。接着，李秀成执行"进北攻南"方案，挑战野外生存极限，渡江返回时，遭遇湘军水师截杀；10万渡江将士，回到天京不足2万，太平军元气大伤。乘此机会，萧孚泗带兵猛攻雨花台石垒，杀敌数千，天京局势更加危急。
1864年6月，萧孚泗再次发力，带兵攻取地堡城，在龙脖子上修筑炮台，向城内狂轰滥炸。同时，萧孚泗带兵挖掘地道，在太平门下放置炸药万余斤，准备爆破而入，夺取南京。7月，地道顺利爆破，炸毁城墙数十丈，湘军蜂拥而入。太平军强力反击，往缺口处投掷炸药，施放枪炮，湘军死伤惨重。
太平军顽强反击，湘军后撤，萧孚泗手刃数人，湘军只能继续厮杀，终于杀入城内。破城后，萧孚泗没有心思追肃清残敌，而是直接奔向天王府，大肆劫掠，然后纵火焚烧，毁灭证据。如此，"吉字营"成为众矢之的，朝野上下斥责之。
