曾国荃有句名言，"挥金如土，杀人如麻"，其麾下"吉字营"将士之纪律可想而知，简直是糟糕透顶。萧孚泗呢？市井无赖之徒，纪律散漫，跟曾国荃可谓是"臭味相投"，彼此非常合得来。1858年，萧孚泗在攻取吉安战斗中表现抢眼，被授予参将，成为中级武将。
1861年6月，萧孚泗与鲍超联手，猛攻安庆城外赤岗岭大营，击败刘昌林，诱降守军。赤岗岭守军投降后，萧孚泗充当曾国荃操刀手，全部将其处死。夺取安庆后，萧孚泗升任河南归德镇总兵，正二品高级武将。
1862年4月，曾国荃率"吉字营"东征，李臣典、萧孚泗打头阵，一路过关斩将，所向披靡。同年6月，"吉字营"大军进驻雨花台，威胁天京南路，太平天国面临严峻考验。10月，忠王李秀成率20万大军从苏州出发，克溧阳，下溧水，越过秣陵关，直接杀向雨花台，与"吉字营"展开对决。
凭借强大火力，太平军猛攻雨花台大营，一直将九帅曾国荃压着打，还击中其左额，流血不止。与此同时，忠王李秀成分兵突击江心洲，试图截断湘军粮食运输线。此时，萧孚泗担任江心洲守将，与太平军进行激战，誓死捍卫粮道安全。
