当然，朝廷也知道巡按御史权力过大，便制定了一些列严格约束，比如"若巡按御史犯法，则罪加三倍"，在此威慑下，怕是没有哪个巡按御史敢犯事。而且，明朝新增了巡抚一职，来对巡按御史进行分权监督。
起初巡抚都是派遣，并不会长驻，后来，逐渐发展成地方的军政大臣，又称：抚台。再者，巡按御史多是寒窗苦读学子，科举中榜以后基本都进了都察院当御史，所以，在个人见识方面，还是分得清孰轻孰重的。
然而，基数大了终究会出几个反例，巡按御史也不例外。随着巡按御史的数量不断增加，各地也不断出现巡按御史仗着权势祸害一方的事例。最知名的事例当属明代清官海瑞那次，他就碰到了一个不怎么靠谱的巡按御史。
嘉靖年间三十九年，都御史鄢懋卿奉命前往浙江巡视，自认为除了皇帝，无人敢惹他，利用权力一路上连吃带拿，搜刮了不少百姓、地主的财物。海瑞那个时候在淳安当县令，见鄢懋卿要来到自己管辖区域，便给他写了一封信，指责他仗权作恶、并列出一系列丑陋行径。
