当时的袁世凯虽然年轻，但也不是愣头青了，为了躲避同僚的陷害，不得已之下，只得辞官归乡；但是李鸿章决定重用袁世凯，命袁世凯于1885年10月护送大院君回朝鲜，同年11月又委派袁世凯为"驻扎朝鲜总理交涉通商事宜"，位同三品道员，左右朝鲜政局，俨然朝鲜的太上皇。
袁世凯在朝鲜期间的任务是在"各国通商"、"友邦环伺"的情况下，使朝鲜"明尊亲之义，定摇惑之志，内修政治，外联邦交"，换言之即强化清朝和朝鲜的宗藩关系，防止朝鲜独立自主的倾向和日俄等国的窥伺。由此袁世凯不可避免地在干涉朝鲜内政，甚至不止一次策划废黜朝鲜国王李熙。
袁世凯干涉朝鲜内政的做法引起了朝鲜国王和一些大臣的不满，清王朝内部中也不断有人弹劾他，比如张謇、张佩纶等人攻击袁世凯"侈然自大，虚骄尚气，久留朝鲜，于大局无益"。幸好有李鸿章极力保他，所以才让袁世凯坚持了下去；袁世凯在朝鲜的十二年虽然由于其年轻气盛而采取一些过激、粗暴的手段，但有效地遏制了日本和沙俄对朝鲜的渗透。
其实，不得不说，袁世凯在朝鲜的那十二年，的确是很不错，不仅挫败了日本方面的入侵，还以强硬手段抵御了沙俄的势力渗透，当真算得上是一个人才；但就是这样一个人才，却屡屡遭到同僚的陷害，如果不是李鸿章极力保他，可能袁世凯早就完了；可能也正是有这样的经历，所以后来的袁世凯，才那样渴望权力吧。
