但就在此时，清王朝的属国朝鲜，出现了问题；朝鲜发生"壬午军乱"，朝鲜国王李熙之父兴宣大院君李昰应利用军队哗变，成功夺权；朝鲜王妃闵妃一党与大院君有隙，请求清廷出兵平乱，袁世凯乃跟随吴长庆的部队东渡朝鲜。袁世凯率领一支清军配合行动，战斗中，袁世凯带头冲在最前面，杀死了几十名兵变参与者，他的坚毅勇敢感染了部下，兵变很快得以平定。
吴长庆在给清廷的呈报中将他赞扬了一番，说他"治军严肃，调度有方，争先攻剿，尤为奋勇"，报以首功。随后清军将大院君掳至保定问罪，当年23岁的袁世凯则以帮办朝鲜军务身份驻藩属国朝鲜，协助朝鲜训练新军，开启了袁世凯练兵的先河。袁世凯留镇朝鲜期间，得到了朝鲜上下的一致好评，朝鲜人士称赞他："明达夙成，留京师（汉城）期年，大得都民之心"。
而袁世凯也没想到，他的朝鲜之行，竟然长达十二年；而在这期间，袁世凯做的最轰动的一件事当属平定"甲申政变"，当时金玉均等"开化党"人士试图推翻"事大党"把持的政权，驻朝日军亦趁机行动欲挟制王室；袁世凯指挥清军击退日军，维系 清王朝在朝鲜的宗主权及其他特权。
袁世凯平定了朝鲜甲申政变有重大意义，打退了日本的渗透势力，粉碎了日本趁中法战争之际谋取朝鲜的企图，推迟了中日战争爆发的时间。袁世凯因这一事件受到清直隶总督兼北洋大臣李鸿章的重视，同时也使日本人对袁世凯"憾之刺骨，百计排陷之"，但他的同僚吴兆有等人却对袁世凯颇为嫉妒，攻击袁世凯"妄开边衅"、"擅挪军款"。
