乾隆二十四年（公元1759年），清军平定了天山南北，重新将这块汉、唐西域都护府的故土，归入了中原王朝的版图。清高宗乾隆将这块达160万平方公里以上的广袤土地，命名为"新疆"，取"新附旧疆"之意。虽然收服了故土，但清廷仍保留了当地原有的伯克制度，即由当地各级"财主、贵族"实施治理，清廷给予部分援助。
1862年，清廷为了镇压内地此起彼伏的人民起义，断绝了给新疆的援助，当地各级伯克疯狂搜刮民众，导致库车起义爆发，伯克们各自割据，相互混战。慢慢地，整个南疆落到了一个名叫穆罕默德·雅霍甫的伯克手里，此人的汉文名，叫阿古柏。这厮出生在中亚塔什干（今乌兹别克斯坦首都）附近，根本不是新疆居民，是个流窜的外国人。
1867年，阿古柏通过血腥的征战，建立了所谓"哲德沙尔汗国"，给新疆人民造成了空前深重的灾难，各地残破凋零，满目疮痍，民不聊生。百姓甚至沦为奴隶，被带到中亚市场出售。这时候的中原清王朝在干什么？镇压太平天国。1864年，湘军攻下天京，太平天国失败，何时收复阿古柏窃据的新疆地区，摆上了清廷的议事日程。
