《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对建文帝自焚而死的这件事，也产生过怀疑，并且也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，而建文帝则是削发为僧外逃了。他就把他的主录僧溥洽抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出朱允炆下落。
为了不让自己被冠上篡位的骂名，朱棣甚至修改历史。永乐时期的官方历史掩盖了建文的年号而人为地把明太祖的统治时期延长了4年，即从洪武32年延长到洪武35年：这个时期曾经被历史学家称之为"革除"时期。
然而，朱棣还是很担心朱允炆会卷土重来，因此，相传他采取了一些措施。
派郑和下西洋"欲寻踪迹，这件事被认为有出国寻找建文帝的可能在。而派户科都给事中胡濙遍行郡、乡、邑长达16年，也是被认为是在搜寻建文帝的下落。然而从最后的结果来看，似乎郑和方面并没有得到任何与其下落有关的消息。但另一方面的胡濙似乎却是有所收获。
