然而，对于这建文帝是否在当时便去世？是如何去世的？没有死去又是去往哪里？做了什么事？对于这些问题的答案，至今也没有一个说法可以说服所有的人。
对于建文帝，或说他当时便自认为命已绝矣，于是便于宫中自焚死；或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。
对于这个问题，几百年来都是众说纷纭的，始终没有得到一个可以让所有人都信服的说法。
其中，比较多人同意的一个说法是，燕军进入南京后，朱允炆在皇宫放火，朱允炆本人不知所终；此后其下落成为谜团。朱棣入城后，派人找出马皇后的尸体，指认其为朱允炆，并执其手哭"傻小子，何苦如此！"。随后六月二十日，以天子礼葬朱允炆，造成建文帝已死的假象。而朱允炆的下落成为了千古谜题。
