海瑞正面抨击了嘉靖帝，二十多年不上朝，父子不相知，君臣不相见，一味追求修道，导致国力衰退、吏治腐败、百姓穷困潦倒。"嘉靖者言家家皆净而无财用也"，严嵩罢相也只是一时之快，罢相后百姓所受剥削，较罢相前有过之而无不及，大明不明。海瑞的《治安疏》戳中了嘉靖的痛处，二十年不上朝，嘉靖运用的就是一批官员主事，一批官员牵制，来达到微妙的平衡。但这势必造成吏治腐败，一边主事、一边拆台，落得个劳民伤财，百姓陷入水深火热之中。
嘉靖年间，南方倭寇不断闹事；北方有"庚戌之变"，就在国门北京城下，鞑靼人洗劫了周边百姓，明廷不敢发一兵一卒进行抵抗。这是土木堡之变后，明朝最大的耻辱。因此，嘉靖帝是一个宫斗权谋高手，但晚年的他也是一个祸国之君；早年的"嘉靖中兴"，证明了他很聪明；但"北虏南倭"的局面，以及处于水深火热之中的百姓，也在控诉着嘉靖一意修玄，拉两派人互斗引发的恶果。
海瑞的《治安疏》，就是在嘉靖统治晚期，大明山河飘摇的时期献上的良言。因此嘉靖的内心是复杂的，他应该是有后悔的，他没有处死海瑞，并在当年就去世了。天牢中的海瑞出来后，在明穆宗一朝，先后任职兵部、大理寺、通政司、应天巡抚。
