1858年，郭嵩焘进京任翰林院编修，后入值南书房。咸丰帝对他说："南斋司笔墨事却无多，然所以命汝入南斋，却不在办笔墨。多读有用书，勉力为有用人，他日仍当出办军务。"可见皇帝对他非常赏识。
第二年十月，郭嵩焘奉命前往烟台查办地方官吏隐匿税收一事，所到之地，大小官员按惯例，隆重接待，且备有厚礼。郭嵩焘向来清正，对此毫不动心。当地官员见此，忧惧不已。
经过他认真查账，郭嵩焘发现这里几乎无官不贪污，无吏不索贿，税外之税，竟超过正税四倍还多。这在他打算查处这批硕鼠蛀虫，整顿税务时。山东巡抚文煜以郭嵩焘设局抽厘导致民变为由，上奏弹劾。
无奈之下，他被迫返回京城。心灰意冷的郭嵩焘不久选择称病回乡。
同治继位后，他在曾国藩、李鸿章的保举下，先后担任了苏松粮道、两淮盐运使等职。长期的仕宦生涯，让他厌倦了官场，于是再次请求解职还乡。
