事情发展到这样，陈矩知道这件事再调查下去不但不一定能调查出真相，还会被别有用心的人利用起来大做文章，陈矩觉得要尽快给万历皇帝一个交代了。不久之后，锦衣卫的百户逮捕了京城里的一个无赖，这个无赖叫皦生光，是顺天府的生员。这人之前就干过伪造富商包继志的诗，并以此要挟郑贵妃兄弟和包继志企图牟利的事情。于是这一次便引起了锦衣卫的怀疑。皦生光被逮捕后，审讯人员对他进行了严刑拷打，但他并没有招供。
最后，陈矩决定，这件事情必须要有个结局了，而皦生光是最适合用来解决这件事情的嫌疑人。陈矩认为，皦生光虽然没有招供，或许真的是冤枉的，但他也算不上无辜，他之前干的事情就已经足够让他被处死了，用他来交差，也算不上滥杀无辜。于是皦生光便被作为这件"妖书案"的嫌疑人结案，最后被判处凌迟。
一场震惊朝堂的大案，就这样被高高举起，又轻轻放下，没有牵连到那些差点被株连的大臣们。陈矩在这次案件中的原则性和决断力使得朝廷上很多官员都对他十分钦佩，不过陈矩依然保持着他"守规矩"的特点，并没有和那些因为他而转危为安的大臣们有更多的瓜葛。
之后，陈矩更上一层楼，当上了司礼监的最高职务--掌印太监，并且依然兼任东厂提督。这时候的陈矩手握纠政与监察两大权力，在明朝这个大宦官频出的朝代，也是极其少见的，可以说是权倾朝野了。但陈矩虽然权大，但却从来不滥用自己的权力，他依然恪守自己的操守和初心--帮助皇帝治理朝政。陈矩在任时，东厂很少抓人，但京师的秩序却非常稳定，是历任东厂提督之最。
万历三十五年（1607），陈矩去世，死后文武百官全都亲自到场为其送葬，送葬的人数之多甚至堵塞了道路，之前在妖书案中受过他帮助的大臣们还亲自在棺前为其祭奠，并撰写祭文。而万历皇帝为了表彰陈矩一生兢兢业业，专门为他修建了祠堂，并题字"清忠"，并专门颁布了保护其祠堂和坟墓的法令，可见陈矩在皇帝与百官心目中的声望之重。
