陈矩虽然守规矩，但并不是不懂得变通。正相反，在政治事件中的陈矩却十分圆滑，在他的从中周旋下，很多可能会引起朝廷大地震的政治风波都被他消弭于无形。比如说万历年间著名的政治大案"妖书案"，就是在陈矩的努力下，使得这一件本可能成为牵连多位朝廷官员的政治大案仅仅以一个无赖被凌迟处死结局告终。
当时有人在朝廷各个大臣的门口都送上了一份匿名书，表示万历皇帝的宠妃郑贵妃和大学士朱赓、兵部尚书王世扬、三边总督李汶、保定巡抚孙玮、少卿张养志、锦衣都督王之桢等人勾结在一起制造阴谋换掉太子。陈矩得知此事后知道兹事体大，于是便奏明了万历皇帝，同时也呈上了当事人之一的大学士朱赓关于这件事的奏折。万历皇帝得知之后，对这件事非常恼火，于是下令彻查这封所谓的"妖书"的来源到底是什么人，并将这件事交给了当时掌管东厂的秉笔太监陈矩和锦衣卫负责。
皇帝发怒，自然手底下的人也不敢怠慢。很快整个京城就弄得满城风雨，到处都是为了调查这件事情的人手，整个京师人心惶惶，充满了黑云压城的感觉。局面虽然紧张，但也总不缺想要把水搅得更浑的人，有些人想要趁此机会陷害他人。好些人暗中找到了陈矩想要让他帮忙排除异己，陈矩对此一视同仁，全都义正言辞地拒绝掉了。
