洪武十二年(1379年)，蓝玉的军队大胜，班师还朝。同年，蓝玉被朱元璋封为永昌侯，俸禄二千五百石，并赐予世袭爵位的凭证。
洪武十四年(1381年)，蓝玉用左副将军的官阶，跟随征南将军傅友德、右副将军沐英率领王师30万，向南征讨云南 ，蓝玉、沐英率领东路军一部分兵将，没有攻打就拿下昆明，元朝右丞观甫保出城投降，盘踞云南的残元势力也被消灭。同时，蓝玉又攻占大理，在曲靖擒获元廷平章达里麻，梁王在逃亡途中死去，滇地全部平定。 战后评功，蓝玉功劳尤大，增加俸禄五百石，而且蓝玉之女被册封为蜀王朱椿妃。
洪武二十年(1387年)，蓝玉被明太祖拜为征虏左副将军，以征虏左副将军身份随大将军冯胜北征元太尉纳哈出。二月初三日，冯胜率兵抵达通州(今北京)，当得知庆州(今内蒙古巴林左旗索布力嘎)有元兵驻屯后，于是派遣蓝玉率领轻骑冒着大雪出兵，杀元廷平章果来，擒果来的儿子不兰奚，并得到了元廷的人马。后率军乘胜追击，当军队到纳哈出巢穴金山(今吉林双辽)，纳哈出来假装投降，蓝玉等将领看出他的计谋并将其生擒，同时，纳哈的军队都归顺。
征讨期间，正碰到冯胜获罪，明朝廷命蓝玉"总管军事"，拜大将军，屯兵在蓟州(今天津蓟县)，当时，顺帝之孙脱古思帖木儿即位，经常骚扰塞上。
