因为太平天国忠王李秀成的亲笔供辞手稿本的影印出版，简又文特别写了《忠王亲笔供辞考误》《忠王亲笔供辞之初步研究》《关于忠王亲笔供辞》《也谈李秀成--李秀成伏诛之谜读后》几篇相当重要的文章，有很多精彩的新发现，甚至推翻前人的说法。
当年曾国藩之杀李秀成事先并没有得到清廷的同意，曾氏兄弟为了某些私下的顾忌，擅自处决了李秀成。曾国藩为了平息外界各种不利于己的谣诼，将李秀成的亲笔供辞删定并找人缮写。《曾文正公日记》七月初七日谓："将李秀成之供，分作八九人缮写，共写一百三十叶，每叶二百一十六字，装成一本，点句画段，并用红纸签分段落，封送军机处备查。"此称为《李秀成自述》"折进本"。同时在七月十一日，也就是李秀成被杀后的第五日，曾国藩以"折进本"寄往安庆，着其子曾纪泽立即刊刻发行，此称为《李秀成自述》"安庆本"。李鸿章在同年八月十七日在苏州已得见"安庆本"。它与"折进本"是否全同，抑又有所删改，学者杨家骆认为以"折进本"至今尚未在故宫档案中发现，因此无从悬揣。但"安庆本"有曾国藩的批记曰："以上皆李秀成在囚笼中亲笔所写，自六月二十七日至七月初六日，每日约写七千字。其别字改之，其谀颂楚军者删之，闲言重复者删之，其宛转求生乞贷一命，请招降江西、湖北各贼以赎罪，言招降事宜有十要，言洪逆败亡有十误，亦均删之，其余虽文理不通，事实不符，概不删改，以存其真。两江总督曾批记。"
曾国藩虽然把李秀成的手稿本请人誊写后又删改并刊刻了，但仍难杜悠悠之口，各种谣言和揣测不胫而走，人们并不相信他所删去的仅仅是这些，而是认为，一定有某些不利于曾国藩及其所统湘军的重要供证被删去了。于是陆陆续续出现了多达二十种不同的《李秀成自述》版本，其中乱删妄增、任意窜改之处则更多。当年清史研究专家孟森（1868-1938）就曾经表示：希望曾国藩后人"善彰世德"，把《李秀成自述》手稿本真迹公之于世。但曾氏的后人并没有接受此建议，而这份《李秀成自述》手稿本就转入家府富厚堂藏书楼密藏，后被带至台湾，在曾国藩逝世九十周年的1962年，其曾孙曾约农才把这册珍藏将近百年的手稿本拿出来，交与世界书局影印问世。
简又文认为，《李秀成自述》手稿本是中西史学界硏究太平天国史最重要的第一手史料，但其中并不是字字句句无讹，也不是人人事事真实的。于是他逐页逐行指出其错误之处，先引原文，后加注释订正。简又文是极其重视史料的历史学者，对此次《李秀成自述》手稿本的出版，他自己也承认受到蒙蔽与误导，从而实际上成为一个不幸的受累至甚者，因为当年他所撰《太平天国全史》内有些资料采自梁峪庐钞录之"吕集义本"（因坚信其为完全真品），而后始得读这"真迹影印本"，因而发现"吕氏本"的数处漏略，竟令《太平天国全史》几个结论陷于重大的错误，而今又无法补救，不禁惊愤交集。他在文中严辞批评吕集义："粗心疏忽不能尽职。他既不遵命将全部原文摄影（只拍照十多张），而其'补钞'之大部分又不字字尽钞，竟尔脱漏了二千八百余字，更未将曾氏所后加之字句删去，乃即以此不完备之摄影滋漏遗之补钞本携归桂林，销差塞责。以后'罗钞本'及'梁钞本'均照此转录面世。二十年来，使举世误信为真正原供全文焉。若无此次台湾之'真迹影印本'及时刊出，则一般世人与历史家几何不永被蒙蔽与误导，而历史真相亦将永被湮灭耶？这大罪过，吕氏理当负其全责的。"简又文作为历史学者的求真精神，由此可见一斑。
其他如《太平天国琐录》《郭士立与太平军》《洪秀全从学朱九江事再研究》《洪秀全之死》《太平天国新史料--干王遗墨》诸文，都是有新材料、新发现、新观点的重要文章。承蒙简又文哲嗣简幼文医师的授权，由我编成《简又文谈太平天国》一书，甚为感谢，我觉得这将是一本非常重要的书籍，也是简又文晚年对太平天国最后的论定与考辨。
