历史是一个循序渐进的过程，元朝和清朝虽然控制了青藏高原，但这也是积前朝之功累进的。到了明朝，在元朝的基础上加强了乌斯藏的控制。明洪武六年（1373年），乌斯藏摄帝师喃加巴藏卜入朝，朱元璋在乌斯藏都司和朵甘都司（今青海省南部与四川省西部）。《明史-乌斯藏传》说得非常清楚："高皇帝惩唐朝吐蕃之乱，……因其旧俗，用僧徒化导为善。"明成祖永乐四年（1406年），乌斯藏帝师哈立麻入京，朱棣以高礼遇款待。
总有一种观点认为只有实际控制才算是本朝疆域，明朝对乌斯藏，以及东北的努尔干都司都属于羁縻统治，并非实际控制，所以不能算进明朝的疆域。先不说努尔干都司实际为明朝控制，就是羁縻统治，其效果并不比实际控制差。比如明朝时贵州有著名的播州宣慰司（贵州省遵义市附近），就属于典型的羁縻统治，尤其是万历改土归流之前。但是不能因为播州宣慰司非明朝直接控制就不算是明朝疆域。即使到了清朝，皇权都不下县，难道县以下都非王土？再比如明朝的广西有很多世袭土著，比如太平州、镇远州、结安州等，朝廷就允许他们世袭，再派一些流官佐之。
关于明朝是否大一统王朝，最大的争议点有两个：一个是努尔干都司，一个是北元。因为清朝的前身后金就崛起于明朝的努尔干都司辖区，就有观点认为努尔干都司并非明朝实际控制的地盘，至少在宣德以后就不是了。
努尔干都司的全称是努尔干都指挥司，这是一个以军事为主的地方机构，都指挥使司以下设卫、所，这难道不是明朝实际控制的证据？按《大明会典》所载，努尔干都司有卫384个，也有376卫之说。明朝对努尔干都司确实任用了很多女真官员，但这些女真官员是服务于明朝统治努尔干都司的。就如同清朝入关统一后，任用很多汉人官员治理汉地，能否认为因为是汉官，就不属于清朝的直接控制？清朝是实际控制过外东北，但在咸丰时割让给了沙俄，是否可以理解成外东北不是清朝的地盘？不能拿清朝最大时的疆域对比明朝最小时的疆域，这是非常不公平的。
