《明史》记载了朱亮祖的结局：
明年九月，召亮祖至，与其子府军卫指挥使暹，俱鞭死。
即，朱亮祖和他的长子朱暹一起，被朱元璋召回南京后，用鞭子活活打死。但朱元璋念及朱亮祖的勇猛和功劳，并没有赶尽杀绝，而是让朱亮祖的次子朱昱继承了永嘉侯的爵位。没想到的是，10年后，朱昱参与了胡惟庸谋逆案，被朱元璋诛杀满门，至此，朱亮祖绝嗣。
朱亮祖作为朱元璋麾下的一员猛将，知名度不高，但在朱元璋灭陈友谅、张士诚、方国珍等战役时，都立下大功，为明朝的统一做出了相当大的贡献。清朝名臣张廷玉在《明史》中评价朱亮祖："骈首就僇，亦其自取焉尔！"可见，朱亮祖未能坚守自己的忠勇，他的结局，并不冤枉。
