石达开离开安徽之后，仍然打着太平天国的旗号，队伍逐渐扩大。他先进入江西，辗转浙江、福建后又回到江西，所到之处都没有建立可靠的根据地，与清军流动作战。1859年石达开进入湖南发动"宝庆会战"，没有成功，这使部下产生了动摇，逐纷纷离开他，回到了天京。石达开部队减员严重，已不能同清军大部队作战。
1861年石达开自广西入湘，辗转湘、黔、川三省，渡过金沙江后来到大渡河南岸的紫达地，准备北上占领成都，称霸四川。此时大渡河北岸还没有清兵把守，尾追的清军也没有赶到。第二天天降大雨，三日不停，河水猛涨，无法渡河（一说因石为生子庆贺延误渡河时间）。这时四川总督骆秉章已在对岸布置好兵力，追兵也到达，形成包围之势。石达开几次抢渡不成，粮草用尽，陷入绝境，他决定以保全剩余将士的生命为条件与清军谈判（一说是诈降，图东山再起）。骆秉章同意，先把四千太平军遣散。6月27日，石达开带领二千多将士去清营谈判，骆秉章立马变卦，先囚禁石达开，然后将二千多太平军将士全部杀害。
图4 太平天国的"天王诏书"
石达开押往成都受审，他慷慨陈词，大义凛然，然后凌迟处死，英勇就义，时年三十二岁。石达开临刑时"辞色不卑不亢，不做摇尾乞怜之语。"观者叹为"奇男子"，为后人所敬佩。
