一、秦琼没有参与玄武门事变
根据历史记载，有10个大臣跟随李世民参与了玄武门事变，分别是长孙无忌、李孟尝、张公瑾、尉迟敬德、侯君集、刘师立、公孙武达、郑仁泰、独孤彦云和杜君绰，同时，房玄龄、杜如晦这两位重臣也为李世民参谋了此事，但这个事件中，我们没有看到秦琼的身影，事后论功行赏时，也没有秦琼，所以秦琼很可能没有参与玄武门事变，即使参与了，他的功勋也不告。
李世民在评选凌烟阁二十四功臣时，将玄武门事变作为了一个很重要的标准，所以没有参与的秦琼排名就略微靠后了。
二是评选凌烟阁二十四功臣时，秦琼已经去世。
李世民评选凌烟阁二十四功臣，是为了表彰帮助他打天下治天下的功臣，所以排名时，会照顾建在的功臣的情感，尽可能将他们排在前面，免得大家产生意见。有人排名靠前，就有人排名靠后，秦琼等已经去世的功臣，只能排名靠后了，这也是唐玄宗为了照顾建在的功臣的感情。
不过能进入凌烟阁这个榜单，就说明秦琼已经很厉害了，在唐太宗李世民心中也有较高的地位。凌烟阁二十四功臣排名即使将秦琼放在了最后一位，也不会影响秦琼的功绩和历史地位，他都是唐初最好的大将之一。
