初平四年（193），前凉州刺史种劭为了报杀父之仇（种劭的父亲种拂在李傕攻破长安时战死），联络了一些反对李傕的汉臣合谋，其中包括马腾。史书上记载马腾参与的原因是：李傕没有满足自己的一些要求。
马腾率军进驻长安城外的长平观，韩遂也率军从凉州赶来助战，李傕则派樊稠等人迎战，马腾战败，只得随韩遂一同返回了凉州。
建安时期，经营关中
马腾与韩遂还曾结拜为异性兄弟，两人很亲近，可是这次回到凉州后不久，两人因为利益瓜分发生纠葛，居然反目成仇。马腾先击败了韩遂，韩遂又去拉人来击败了马腾，甚至把马腾的妻子、孩子杀死。
