也因此，当时的清政府内部对收复新疆这一问题有着很大分歧，分别以左宗棠和李鸿章为代表的两方势力展开了争论。
李鸿章认为，清朝应该主要防范日本，以海防为主构建防御体系，至于新疆等边疆地带就算舍弃也没什么大不了，"停撤之饷，即匀作海防之饷"。左宗棠则提出了完全相反的意见，他认为"自撤藩篱，则我退寸而寇进尺"，一昧的避让不仅不能够使帝国列强停止侵略清朝，反而会因为示弱的姿而加剧这种情况。
最好的办法，就是以铁血手段把所有外敌全部击退，让他们产生敬畏忌惮之心，日后的边疆也将进入长久的安宁之中。
不得不说，有能力的人说话就是不一样，左宗棠因此成功获得了清政府的支持。考虑到当时新疆的具体情况，左宗棠指定了"先北后南"、"缓进急战"两大主要战略目标，并且对湘军内部的兵员进行了精挑细选，充分保证了其军队的战斗力。
