此时的清朝，由于削发令的颁布，遭到了江南一带百姓的强烈抵抗，清军一时无法继续南进。但南明内部的严重党派斗争，以及地方势力的纷纷割据，同样无法有效集中力量对抗清军。尤其是鲁王政权和隆武政权由于正统之争，致使其有限的抵抗只能是各自为战，因而当清军再度南下之时，不论是鲁王政权还是隆武政权，均无法抵挡。
隆武二年（1646年）六月，鲁王兵败后在张煌言的保护下逃亡海上，清军随后兵分两路，分别从仙霞关和分水关向福建的隆武政权进兵。八月，隆武帝被乱箭射杀于汀州府衙。九月十九日，清军占领福京。十一月，郑芝龙不顾郑成功苦谏，北上福州降清。
隆武帝应该算是南明诸多帝王中最有作为的一位了，不过虽然他想要有所作为，但由于其被郑氏集团架空，实际上能够做出的贡献实在有限。
绍武政权：被清军偷袭灭亡
