在鲁王政权和隆武政权相继灭亡之后，明神宗的唯一男姓后裔桂王朱由榔，在广西巡抚瞿式耜等人的拥立下，于十月在肇庆监国，同月二十日，清军攻陷南赣，朱由榔逃往梧州。他的这种逃跑行为，等于直接放弃了广东，导致永历朝在广东人心尽失。在南明政权始终无法站稳脚跟的情况下，李自成死后的闯军余部反而成为了抗清的主力。
永历元年（1647年），闯军的郝摇旗部与逃至广西的桂王朱由榔会合，并向桂林进兵。而在永历六年（1652年），张献忠的部将孙可望、李定国也与永历政权一起联合抗清。在闯军和张献忠各部的支持下，南明政权一度"回光返照"。
至永历六年（1652年）时，永历政权的控制区域一度扩大至云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省和湖广、湘桂部分地区，而北方的山西、陕西、甘肃三省部分地区，以及东南福建和浙江两省的沿海地区的反清势力，同样拥立永历政权。
