不过在雅克萨之战爆发的时候，蒙古的准噶尔部开始崛起，假如沙俄和准噶尔部联合攻击清朝，清朝将会面临极大的威胁。康熙皇帝为了避免扩大战争，放缓了对雅克萨的攻势。在清朝面临准噶尔部落威胁的同时，沙俄在欧洲地区也遭到了挫折。1687年沙俄和奥斯曼帝国爆发战争，由于欧洲地区的战事吃紧，沙俄无力向远东大规模增兵，只能派遣使者和清朝进行谈判。
在双方都不愿意进行大规模战争的前提下，清朝使者和沙俄使者在尼布楚举行了谈判。虽然谈判双方都不想进行大规模战争，但是沙俄代表和清朝代表在谈判的时候，都携带了大量的军队。由于沙俄不肯放弃雅克萨城，尼布楚谈判一度陷入僵局，清朝代表索额图当机立断，重新调兵包围了雅克萨城，做出了不惜一战的态势。沙俄代表看到清朝态度坚决，只能同意了以格尔必齐河和外兴安岭为边界的提议。
不过《尼布楚条约》并没有划定乌第河和兴安岭之间土地的归属权问题，这块土地被专门列为一条写入了《尼布楚条约》里面，并且注明这一地区的归属权问题"暂行存放"。笔者认为清朝和沙俄没有在条约里面确定乌第河和兴安岭之间土地的归属权问题，主要是因为两国已经把大部分争议地区谈妥，不想再为了这块小地方的归属权影响谈判。毕竟在《尼布楚条约》签订的时候，沙俄和奥斯曼帝国已经大打出手，清朝也开始了平定准噶尔的战争。
