其后北王韦昌辉以搜捕"东党"为名，大杀异己。众多东王部属在弃械后被杀，平民也不能幸免，随后血洗南京城，约2万余人被屠杀。
翼王石达开十余日后到天京，进城会晤北王韦昌辉，因翼王亦有部曲在乱中被杀，责备滥杀之事，不欢而散。因怕被北王韦昌辉杀害，石达开连夜匆忙缒城逃到城外。
北王未能捉拿到翼王，却尽杀其家属及王府部属。
逃走后的翼王石达开从安庆起兵讨伐北王韦昌辉，求天王杀北王以谢天下。
此时在天京以外的太平军大多支持翼王，北王在势急下攻打天王府，但最终败于效忠天王的将士及东王余众，最终北王韦昌辉及200多心腹于11月2日被杀，其首级被函送安徽石达开营中验收。燕王秦日纲不久亦被处死，天京事变告一段落。但自此太平天国元气大伤。
