秦日纲本来和杨秀清没有太大的矛盾，甚至一度将秦日纲视为自己人。石达开主政安庆的时候，杨秀清觉得不放心，就让秦日纲去接管了安庆，秦日纲到安庆之后，扩增兵员三千余人，军容甚盛，引起杨秀清猜疑。后来秦日纲府中的牧马人遇见杨秀清的一个老同叔（结拜兄弟的叔叔）没有行礼，这个老同叔就把事情捅到了杨秀清那里。杨秀清直接将牧马人狠狠打了二百下，有意打压一下秦日纲，秦日纲自然觉得杨秀清太过了。
石达开与杨秀清的矛盾
秦日纲的牧马人被打之后，杨秀清觉得不过瘾，便把人交给石达开的老丈人黄玉昆，黄玉昆觉得杨秀清对燕王秦日纲手下违法之事处理太过，便仗义执言，要求秉公处理，结果直接引来杨秀清的盛怒，于是下令将黄玉昆"重杖三百，革去侯爵，降为伍卒"，给石达开老丈人难堪，就等于是给石达开难堪，加上之前杨秀清将石达开主政的安庆拿走，两下相加，石达开亦是对杨秀清非常的不满。
"天京事变"演变成连环血腥屠杀
1856年9月2日，北王韦昌辉接令后立即率兵回天京，包围东王府，诛杀杨秀清及其眷属，在天京城内制造大屠杀，实行恐怖统治，并杀死杨秀清全家老小。
