甲午战败后不久，资产阶级维新派便发起了戊戌维新运动。光绪皇帝出于振兴国家的爱国立场，不顾慈禧的阻挠，积极支持变法维新运动。可惜这个运动，最后遭到了以慈禧为代表的封建顽固守旧派的打击和扼杀，最终以彻底失败而告终。在破坏变法维新运动的斗争中，李莲英也发挥了很大的副作用，甚至还欠下不少孽债。
戊戌维新运动刚刚兴起后不久，慈禧为了阻挠变法行动，曾想方设法打击光绪帝身边那些支持变法的帝党官员。光绪帝所倚重的师傅翁同龢的被驱逐，就是慈禧打击光绪帝的重要一环：据《慈禧传信录》记载，翁同龢被逐的直接原因是李莲英应荣禄之嘱，在慈禧面前诬告翁"专横，且劝帝游历外洋"所致。慈禧听后，顿时大发雷霆，立即下谕"逐同龢去"。当然，实际的原因远远要比这复杂得多，但李莲英的进谗，无疑起到了催化剂作用。
除了驱逐翁同龢，李莲英还把矛头对准其他支持变法的人物。当时，曾担任光绪帝宠妃珍妃的老师、翰林院侍读学土文廷式非常支持光绪帝亲政，并支持康有为发起强学会。为劝说慈禧太后，文廷式代替具有爱国思想的太监寇连材，拟写了一份奏疏，在其中建议慈禧"行新政，摒老臣，用才士"。本来，这个寇连材本来也是慈禧的心腹太监，专门被慈禧派到光绪身边监视帝党的行动，但在监视的过程中，寇连材逐渐被维新思想感染，他毅然回家辞别老小，冒着巨大风险向慈禧进了谏言。慈禧看过后，认为寇连材背叛了自己，一怒之下将其发配到了黑龙江。李莲英不但不救，反而落井下石，进一步向慈禧密告说寇连材"力谮其通外，泄宫中事"，非欲置其死地而后快。结果，在李莲英的篡唆下，慈禧果然处死了寇连材，同时还把文廷式革职查办。
变法行动被打击后，光绪帝也被慈禧软禁起来，慈禧开始再度垂帘听政。忽然一天夜里，"群阉忽惊起， 谓帝谋逃逸"。其实这又是李莲英精心策划的一起政治阴谋，在慈禧牢牢掌控的皇宫中，光绪帝哪有逃逸的可能。但是慈禧还是因为李莲英的报告，把光绪进一步囚禁到四面环水的瀛台上居住，使他完全失去了行动的自由。李莲英还派心腹太监昼夜对光绪帝严加看管，达到了"虽后妃不得与帝谋一面"的地步。
光绪帝被囚禁后，中国大地上兴起了声势颇为浩大，喊出"扶清灭洋"口号的义和团运动。义和团的出现，使一部分封建顽固守旧势力看到了机会，他们出于巩固本集团政治私利的需要，妄图以"招抚"的名义，利用义和团，煽动封建迷信思想和盲目排外的情绪。作为最高统治者的慈禧，开始时她对义和团是拼命地限制、禁阻和剿杀，后来在错综复杂的形势下慈禧又改变了策略，转为支持载漪、刚毅等希望利用义和团的这些势力。当时，李莲英奉慈禧之命，来回奔走于北京与颐和园之间，探听外面的消息。有一次，李莲英到端王府办事，正好碰上义和团的"老师傅"施展所谓的神功。待其回宫复命时，他向慈禧大肆宣扬义和团的功夫如何的神异，还竭力鼓吹和散布封建迷信思想，蛊惑慈禧相信。李莲英的这些话对愚昧的慈禧显然产生了相当的影响，据有关材料说，义和团运动时期，慈禧一有空就"必将神团咒诵七十次"。慈禧每次咒诵后，李莲英都要补上一句："又亡洋夷一名矣" 。李莲英竭力夸大义和团迷信的一面，最终使慈禧做出了错误的决策，促使庚子之祸提前到来。
李莲英靠忠于慈禧起家，在慈禧与光绪帝争权的过程中，他自然会倾向于慈禧，但相较于同是太监的寇连材，他显然缺乏进步性和正义感！
